本講座の前身は、旧第一内科（消化管、肝臓、糖尿病の診療・研究班で構成）に1989年（当時　佐藤俊一主任教授）丸浜喜亮教授が着任し、糖尿病・代謝グループ（第6研究室）を主催したことから始まります。

2003年12月に佐藤　譲先生が、新設された糖尿病・代謝内科に初代教授として就任し、旧第一内科より分離いたしました（現在、旧第一内科は消化管内科分野、肝臓内科分野、糖尿病・代謝内科分野の3分野に分かれる）。その後、2008年機構改革により内科学講座糖尿病・代謝内科分野と名称を改めています。教室の場所は第5研究室、第6研究室、教授室と散在していましたが、2011年には現在の医局に移り、医局員全員が同じ場所にまとまることができました。

2013年9月に石垣　泰が第2代教授として就任し、医局と地域の糖尿病診療のさらなる発展をめざしてきました。
2018年4月より内科学講座の改編があり、旧心血管・腎臓・内分泌内科が担当していた分野のうち内分泌内科分野も担当することとなり、科名が内科学講座糖尿病・代謝・内分泌内科分野（糖尿病・代謝・内分泌内科）に変更となりました。
講座開設当時は7名だった医局員も徐々に人数が増え、開設以降15年余りの間に所属した医師は42名に及び、19名の医学博士と14名の糖尿病専門医を輩出しております。